Roderic Guigó Serra

Roderic Guigó Serra, Barcelona, 1959, bioinformàtic, va participar en la seqüenciació del genoma humà. És coinvestigador principal del projecte Encode, que té com objectiu desxifrar el significat biològic de la seqüència del genoma.

Biografia
Roderic Guigó neix a Barcelona l’any 1959. Estudia la carrera de biologia a la universitat de Barcelona (UB), llicenciant-se el 1981. Els seus primers experiments com investigador li van fer veure que el laboratori no era el seu fort, que li agradava més la feina teòrica i va apostar per la bioinformàtica. Va fer la tesi doctoral al departament de bioestadística de la UB, desenvolupant models matemàtics i informàtics de genètica de poblacions i ecologia evolutiva. Mentre feia el doctorat, donava classes de matemàtiques i va fer la carrera de filosofia. Diu ell mateix que en aquell temps no havia tanta pressió com hi ha ara sobre els doctorands, que durant la tesi no va publicar cap article (3). Va acabar el doctorat el 1988.

Roderic Guigó a la Setmana de la Ciència de Banyoles el 28.11.2014. Foto JL. Diez.

Roderic Guigó a la Setmana de la Ciència de Banyoles el 28.11.2014. Foto JL. Diez.

Durant els sis anys posteriors al doctorat, treballa als Estats Units en diferents investigacions relacionades amb el genoma. Entre 1988 i 1991 va fer una estada al Dana Farber Cancer Institute, de la universitat de Harvard, amb el Dr. Temple F. Smith. Aquí va començar a treballar en anàlisi de seqüències, camp al que s’ha dedicat des d’aleshores. Després, quan el Dr. Smith va ser nomenat director del Centre d’Enginyeria Biomolecular de la universitat de Boston, es va traslladar amb ell a Boston. La primavera de 1992 va a Los Alamos National Laboratory, New Mexico, al grup de Biologia Teòrica i Biofísica, amb el Dr. James W. Fickett. Treballa essencialment en dos temes: «estimació de la densitat de codificació de proteïnes del genoma» i en «caracterització de l’estructura del genoma a gran escala».

Des de 1994 és investigador a l’Institut Municipal d’Investigació Mèdica de Barcelona, dins del Grup de Recerca en Informàtica Biomèdica (GRIB) i des de 1999 és també professor associat de la universitat Pompeu Fabra (UPF). Des de l’any 2005 és coordinador del programa de Bioinformàtica i Genòmica del Centre de Regulació Genòmica (CRG) de la UPF. Quan el 2003 va sortir el projecte ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements), com a continuïtat del projecte del genoma humà, el Dr. Guigó va ser seleccionat i finançat, per el govern dels Estats Units, com un dels investigadors principals del projecte.

Roderic Guigó forma part de nombrosos comitès i associacions de bioinformàtica i ha estat guardonat dues vegades amb el Premi Ciutat de Barcelona, el 2002 i el 2012, per la seva carrera investigadora.
(1) (2) (3) (4) (5)

Carrera científica
– Seqüenciació del genoma
El genoma és el conjunt d’instruccions que determinen las característiques biològiques de cada ésser humà com, per exemple, el color dels ulls o de la pell, l’alçada o la predisposició a patir determinades malalties. Aquestes instruccions estan codificades a través de seqüències formades només per quatre components diferents que anomenarem per les lletres A, C, G, T. Químicament aquests components són bases nitrogenades i s’anomenen: Adenina, Citosina, Guanina i Timina.

La seqüència del genoma humà va ser desxifrada l’any 2001, com a resultat del treball de centenars de biòlegs i informàtics durant més de 10 anys. El cost total del projecte va ser de 3000 milions de dòlars. El progrés dels mètodes experimentals i computacionals ha fet que, en 2012, el cost d’obtenir la seqüència d’un genoma humà sigui de 3.000 dòlars. Ara fins i tot hi ha empreses (8) que comercialitzen una aplicació per mòbil que, amb una mostra de saliva, et dona informació sobre una part de la seqüència del teu genoma que et permet saber la predisposició a patir certes malalties

El grup del CRG que dirigeix el Dr. Guigó va ser l’únic grup espanyol que va participar en el projecte del genoma humà, desenvolupant mètodes computacionals per l’anàlisi de genomes. També ha participat en la seqüenciació del genoma de moltes altres espècies.
(2) (6) (7) (8) (9)

– Projecte ENCODE

Les instruccions del codi genètic es descodifiquen en tres fases: primer es fa la transcripció del ADN a ARN, després el processament d’aquest ARN a ARN funcional i proteïnes i, per últim, es desenvolupen tots els processos que donen lloc a un organisme viu. El projecte ENCODE intenta entendre la primera etapa d’aquest desxiframent. La participació de Roderic Guigó en el projecte ha estat en el primer pas, la transcripció de ADN a ARN, coordinant el que s’anomena l’ARN Grup. En aquest grup hi ha uns vint investigadors de centres catalans.

Portada de Genome Research, setembre 2012, dissenyada per investigadors del CRG, inspirada en l'obra de Joan Miró..

Portada de Genome Research, setembre 2012, dissenyada per investigadors del CRG, inspirada en l’obra de Joan Miró..

Una troballa del projecte ENCODE ha estat entendre que en el genoma humà hi ha una gran activitat, que és molt més complex del que s’esperava. Aquella gran part del genoma que, en un primer moment va ser anomenada ADN escombraries, perquè es pensava que no tenia cap paper, se sap ara que és funcional, que te un gran paper. Abans d’ENCODE es pensava que la transcripció del codi genètic es realitzava sintetitzant molècules d’ARN missatger per a fabricar proteïnes. En paraules del Dr. Guigó, ara se sap que «les molècules d’ARN són molt abundants i encara més diverses en la seva seqüència, estructura o funció del que imaginavem. La biologia de l’ARN esdevindrà cada vegada més crucial per a la recerca bàsica i per a les aplicacions tècniques en biologia i medicina en particular» (12).

En aquest projecte s’han estudiat només uns pocs tipus cel·lulars dels centenars que hi ha en el cos humà. Però el genoma funciona de forma diferent en cada tipus de cèl·lules. Així que la continuació del projecte serà estendre l’estudi a tots els tipus de cèl·lules. Conèixer com funciona el genoma ens pot permetre, en un futur, corregir aquelles deficiències que poden donar lloc a malalties.
(10) (11) (12) (13)

– Bioinformàtica
És molt interessant l’opinió del Dr. Guigó sobre els estudis de bioinformàtica a Espanya. Diu que, al contrari del que passa en altres països, aquí no s’ofereix la possibilitat d’estudiar alhora biologia i informàtica i creu que és un error estratègic greu. Fins fa molt poc, la major part de la feina a biologia era obtenir dades, però ara es generen automàticament quantitats ingents de dades i el gran problema consisteix en interpretar-les. Caldria fer més flexible el sistema universitari de forma que es pogués estudiar alhora biologia i informàtica, obtenint al final una doble titulació, similar a la que  s’ofereix en física i matemàtiques i en la que es matriculen estudiants altament motivats. L’altra possibilitat, de la que no es mostra partidari, és la d’una carrera de bioinformàtica. Creu que no es bona una superespecialització dels estudiants en els primers cursos de carrera, sinó que s’han d’oferir carreres flexibles i formar els estudiants perquè puguin adaptar-se als canvis.
(2) (13)

Fonts d’informació utilitzades
(1) Societat catalana de biologia
http://scb.iec.cat/biologia-computacional-i-bioinformatica/
(2) J. Corbella. Roderic Guigó: «Necessitem bioinformàtics i no els estem formant”. La Vanguardia. 16.09.2012.  http://www.crg.eu/sites/default/files/crg_media/332530.PDF
(3) OEI. Divulgación y cultura científica iberoamericana. Entrevista.
http://www.oei.es/divulgacioncientifica/entrevistas_208.htm
(4) http://big.crg.cat/computational_biology_of_rna_processing
(5) Universitat Pompeu Fabra. E-notícies 11.02.2013.
http://www.upf.edu/enoticies-recerca/1213/0214.html
(6) http://www.xtec.cat/alfresco/d/d/workspace/SpacesStore/ba065674-0124-4665-9f04-3b47676e641d/Fitxa_guigoroderic.pdf
(7) Roderic Guigó a la Setmana de la Ciència de Banyoles el 28.11.2014.
http://www.astrobanyoles.org/article.php?num_art=605&print=1
(8) 23andMe. «Descobreixi per $99 el que el seu ADN diu de vostè i la seva família»
https://www.23andme.com/
(9) El racó de pensar. Catalunya Ràdio. 26.11.2014.
http://www.ccma.cat/catradio/alacarta/El-Cafe-de-la-Republica/El-genoma-avencos-i-dilemes-etics-26-11-14/audio/858979/
(10) The ENCODE project  http://www.genome.gov/encode/
(11) Entrevista a Roderic Guigó sobre el projecte ENCODE. 06.09.2012.
https://www.youtube.com/watch?v=xQeJ_s8NeuU
(12) Universitat Pompeu Fabra. E-notícies 06.09.2012.
http://www.upf.edu/enoticies-recerca/1213/0902.html
(13) Trenta articles científics descriuen el mapa del genoma humà.  06.09.2012.  http://www.upf.edu/enoticies-recerca/1213/0902.html

 Audio de la xerrada

Emissió de Ràdio Banyoles, dins del programa d’Astrobanyoles
“Sopa d’estrelles” del 7 de maig de 2015.

Aquesta entrada ha esta publicada en biologia, Científics propers, informàtica. Afegeix a les adreces d'interès l'enllaç permanent.

Els comentaris estan tancats.